La Jurisdicción Penal está integrada por los siguientes Órganos Jurisdiccionales:
1. La Suprema Corte de Justicia;
2. Las Cortes de Apelación;
3. Los Jueces de Primera Instancia;
4. Los Jueces de la Instrucción;
5. Los Jueces de Ejecución Penal, y;
6. Los Jueces de Paz.
La Suprema Corte de Justicia además de de los casos que expresamente le atribuye la Constitución de la República y las leyes, dicho Órgano Rector es competente para conocer:
1. Del recurso de casación;
2. Del recurso de revisión;
3. Del procedimiento relativo a los conflictos de competencia entre Cortes de Apelación o entre jueces o tribunales de distintos Departamentos Judiciales;
4. De la recusación de los jueces de Corte de Apelación;
5. De las quejas por demora procesal o denegación de justicia contra las Cortes de Apelación.
6. Del procedimiento de solicitud de extradición.
Además la Suprema Corte de Justicia es competente para dictar las normas prácticas que organicen y aseguren en cada Distrito Judicial el funcionamiento permanente de oficinas judiciales habilitadas para conocer a cualquier hora del día o de la noche de aquellos casos, procedimientos y diligencias que no admitan demora.
Las Cortes de Apelación son competentes para conocer:
1. De los recursos de apelación;
2. De los conflictos de competencia dentro de su jurisdicción, salvo los que correspondan a la Suprema Corte de Justicia;
3. De las recusaciones de los jueces;
4. De las quejas por demora procesal o denegación de justicia; y
5. De las causas penales seguidas a los jueces de primera instancia, jueces de la instrucción, jueces de ejecución penal, jueces de jurisdicción original del tribunal de tierras, procuradores fiscales y gobernadores provinciales.
Los jueces de primera instancia conocen de modo unipersonal del juicio por hechos punibles que conlleven penas pecuniarias o pena privativa de libertad cuyo máximo previsto sea de dos años, o ambas penas a la vez. Son igualmente competentes para conocer de modo unipersonal de las acciones de hábeas corpus que le sean planteadas y de los hechos punibles de acción privada.
Para conocer de los casos cuya pena privativa de libertad máxima prevista sea mayor de dos años el tribunal se integra con tres jueces de primera instancia.
Corresponde a los jueces de la instrucción resolver todas las cuestiones en las que la ley requiera la intervención de un juez durante el procedimiento preparatorio, dirigir la audiencia preliminar, dictar las resoluciones pertinentes y dictar sentencia conforme a las reglas del procedimiento abreviado.
Los jueces de ejecución penal tienen a su cargo el control de la ejecución de las sentencias, de la suspensión condicional del procedimiento, de la sustanciación y resolución de todas las cuestiones que se planteen sobre la ejecución de la condena.
Los jueces de paz son competentes para conocer y fallar:
1. Del juicio por contravenciones;
2. Del juicio por infracciones relativas al tránsito de vehículos de motor;
3. Del juicio por infracciones relativas a asuntos municipales;
4. Del control de la investigación en los casos que no admitan demora y no sea posible lograr la intervención inmediata del juez de la instrucción competente;
5. De las solicitudes de medidas de coerción, en los casos que no admitan demora y no sea posible lograr la intervención inmediata del juez de la instrucción, o que resulte conveniente para facilitar la participación de todos los intervinientes;
6. De los demás hechos punibles cuyo conocimiento y fallo le son atribuidos por las leyes especiales.
Despacho Judicial:
Los jueces o tribunales son asistidos por un despacho judicial integrado por un secretario y el personal auxiliar que sea menester para administrar eficientemente los asuntos propios de sus funciones y mantener organizada la oficina.
Son funciones del Secretario del Tribunal:
1-Organizar la preparación de las audiencias,
2-Dictar las resoluciones de mero trámite,
3-Ordenar las notificaciones y citaciones,
4-Disponer la custodia de objetos secuestrados,
5-Llevar al día los registros y estadísticas,
6-Dirigir al personal auxiliar,
7-Informar a las partes del estado y marcha de los procedimientos y
8-Colaborar en todos los trabajos materiales o administrativos que el juez o el tribunal les indique.
La delegación de funciones jurisdiccionales en el secretario o en uno cualquiera de los auxiliares del despacho judicial hace nula las actuaciones realizadas y compromete la responsabilidad disciplinaria y personal del juez por dicha conducta.